Realizó sus estudios en la Escuela de Bellas Artes con Tomás Povedano, Teodorico Quirós y con Margarita Bertheau con quien creó una fuerte amistad, al igual que muchas más acuarelistas de esa época, que se reunían semanalmente con Bertheau para pintar al aire libre y crear en colectividad. Margarita Gómez fue profesora por algunos años en la Escuela de Bellas Artes y luego ha dado clases en su taller durante más de 50 años de manera ininterrumpida. Fue parte de la Junta Directiva del Museo de Arte Costarricense, durante la dirección de Ligia Kopper. Es integrante de la Asociación Costarricenses de Acuarelistas.